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En las temporadas 2005-06, 2006-07 y 2007-08 el Hércules de Alicante anduvo por la segunda división sin pena ni gloria, manteniéndose en puestos cómodos pero sin llegar a aspirar a un ascenso real a primera división. Como nota anecdótica cabe destacar la coincidencia del Hércules en esa misma temporada con el otro equipo de su ciudad, el Alicante Club de Fútbol (que descendería la misma temporada) perdiendo el conjunto herculano en casa por 1-2 al igual que perdió el Alicante en su casa, hablando del partido de ida y vuelta entre ambos conjuntos alicantinos.